Форум » ДНК-генеалогия » Математика ДНК Генеалогии » Ответить
Математика ДНК Генеалогии
Turk: Ас салам алейкум джамагъат), Давно хотел создать эту тему, давайте наконец разберемся в математике ДНК генеалогии. А также потренироваться под пристальным вниманием наших "гуру" Тимура, Атлы и тех кто умеет еще считать)). Обсуждение в фейсе с Хамзой натолкнуло создать эту тему. Если честно столько лет тут сидим обсуждаем, но никак руки не доходили взяться серьезно и научится таки считать, совесть мучает перед самим собой - все таки расчеты мне мягко говоря не чужая область)). Но лучше поздно, чем никогда! На сегодня, как я заметил, есть ряд разных формул, со своими константами, большинство близких друг к другу, но все таки разных. Используются произвольно разными любителями и-или исследователями. 1) Какая методика расчета общего предка по У-ДНК на сегодня наилучшим образом себя зарекомендовала и обоснованна? Предполагаю все те же, которыми пользуется И. Рожанский/А. Клесов/Адамов? Если можно ссылку или кратко описание формулы. Мы попробуем на наших гаплотипах и поспрашиваем). 2) Какие есть методики в научном мире и чем отличаются от формул из 1го вопроса? Исходя из новых данных БИГ У и ФуллСиквенсов, в голове такой алгоритм: проверка на снип, если есть общий снип в одном субкладе, тогда уже расчет по СТР и мутациям, верна ли логика, какие дополнения? 3) какие есть программы автоматического расчета общих предков (с или без учета снипов)?
Ответов - 13
Albert: Очень важная тема!
Turk: Вот такую формулу мне скинули от Хусейна Чокаева: Если два 37-маркерных гаплотипа: число мутаций N делим на 74, делим 0,003 и умножаем на 25 лет Ниже даются константы: 12 - 0,00142 25 - 0 ,00257 37 - 0 ,003 67 - 0,0023 . Все по тому же алгоритму для 67 маркеров берут коэффициент 0,0023. Количество мутаций делим на 134 (67х2), снова делим 0,0023 и умножаем на 25.
Albert: Для нас, всё же, нужно умножать на 30 лет!
Atly: Мне удобнее считать по таблице предложенной Игорем Львовичем. ТАБЛИЦА
Albert: Atly пишет: Мне удобнее считать по таблице предложенной Игорем Львовичем. ТАБЛИЦА Не могу сейчас зайти в "Родство", так как забыл пароль... Где-то в другом месте нет этой таблицы?
Turk: Вот таблица в виде скриншота.
Turk: Продолжение:
Albert: Почему такая разница между двумя системами подсчета? Если в первом случае между мной и Сапаром Катчиевым (результат которого в нашем проекте) около 300-350 лет, то по таблице Рожанского - 425 лет. Первый результат, по-моему, более правильный. Или результат по Рожанскому нужно делить на 2?
Atly: Albert пишет: Или результат по Рожанскому нужно делить на 2? Верно, надо делить на два.
Albert: Atly пишет: Верно, надо делить на два. Тогда 212,5 лет чуть маловато будет, наверное.
Сары: Обсуждение на молгене http://forum.molgen.org/index.php/topic,6579.0.html Сам калькулятор http://www.semargl.me/tools/build-tree-and-asd-pairs/ Вот еще по теме http://forum.molgen.org/index.php/board,49.0.html И еще парочка калькуляторов http://www.mymcgee.com/tools/yutility111.html http://ehelix.pythonanywhere.com/
Эсен: Сравнение двух гаплотипов – это всегда большая погрешность. Если вы заметили, когда появляется новый результат, я в первую очередь пишу «близок тому, близок этому». Ориентировочный возраст между 2 гаплотипами я оцениваю интуитивно, положившись на некоторый опыт и учитывая географическую удаленность, фамильные предания и т.д. А так, конечно, можно поиграться с калькуляторами, ссылки на которые привел Сары.
Atly: Albert пишет: Тогда 212,5 лет чуть маловато будет, наверное. Погрешность 25%.
полная версия страницы