R1a+CTS1806 карачаевcкий первый снип из субклада Z2123, и другие
Amigo: Ну чтож потихоньку начнем обнародовать данные Биг-Игрека. Итак обнаружен первый карачаевский снип из субклада Z2123. Это снип CTS1806. Все снипы будут даваться в формате FTDNA: На сегодня из туранских подветвей субклада Z2123, тест Биг-Игрек в ФТДНА пока прошли только четыре гаплотипа: 1) 209978 Sura Bashkir SNP,"","CTS1806","No(-) 2) 290827 Kodzhakov Karachay SNP,"","CTS1806","Yes(+) 3) 246666 Hiun Bashkir SNP,"","CTS1806","No(-) 4) 246808 Suyun Bashkir SNP,"","CTS1806","No(-) Итак, ни у одного из приведенных ваше башкирских гаплотипов, не оказалось снипа, которые есть у карачаевца Коджакова. Вот только не знаю CTS1806 приватный снип у 290827, или это снип будет характерен и другим карачаевцам. Т.е. возраст этого снипа - пока неизвестен. Поздравляю карачаевцев с первым их снипом , который есть в формате FTDNA! Это значит праймеры от этого снипа есть в ФТДНА. К какому из 17 снипов 290827-го, обнаруженных компанией yfull.com соответствует фтднашный СTS1806 - не знаю, возможно СТS1806 и есть тот самый пресловутый YP449-й, а возможно это и любой другой из 17 снипов, классифицированных компанией yfull.com у 290827.
Albert: Amigo пишет: Тогда не поленись и объясни, как такое возможно, что у одних L342.2 в минусе, а у других в плюсе, при этом оба скажем Z2123. Что же мутация то проскочила у одного Ну давно же известно, что L342.2 - неустойчивый снип! Потому его и не рекомендуют заказывать.
Amigo: Albert пишет: Ну давно же известно, что L342.2 - неустойчивый снип! Потому его и не рекомендуют заказывать. Так вот таких неустойчивых снипов там уйма, просто на слуху этот - пока однажды не обнаружили что он нестабильный.
Amigo: Atly пишет: Теперь хоть знаем причину наших мутаций У каждого человека они есть, в каждой гг., особенно в закрытых популяциях. А теперь сам ответь себе на вопрос почему неустойчивых снипов - больше в закрытых популяциях.
Albert: Amigo пишет: У каждого человека они есть в каждой гг., особенно в закрытых популяциях. А теперь сам ответь себе на вопрос почему неустойчивых снипов - больше в закрытых популяциях. А что, есть данные что их больше именно в закрытых популяциях?
Amigo: Albert пишет: А что, есть данные что их больше именно в закрытых популяциях? возвратные мутации есть у каждого. А в закрытых популяциях много близкородственных браков, в итоге это приводит к нежелательной генетической наследственности в виде болезней и прочего. В том числе Y-хромосома несет последствия в виде мутаций, не всегда плохо сказывающих на здоровье. Ведь есть у Z2123-го снип L342.2 или нет - ровным счетом на здоровье не влияет. http://vmede.org/sait/?page=4&id=Genetika_klin_bo4kov_2004&menu=Genetika_klin_bo4kov_2004 http://bono-esse.ru/blizzard/Aku/Genetik/n_z_2.html Вы вот все спорите и спорите - хоть бы поинтересовались почему данные по тесту содержат результаты или +, или -, или знак вопроса - "?". Вот этот "вопрос" и есть обозначение нестабильности, то ли плюс, то ли минус - поэтому и пишут там вопросительный знак, - это значит то ли есть этот снип у человека, то ли его нет - неустойчиво короче, особенно это касается новых снипов.
Amigo: Atly пишет: Но твои двусмысленные перекрещивания Y-хромосомы это нечто. Если что-то непонятно, из этого не следует вывод что это неправильно. Есть много литературы на этот счет почитайте. Единого мнения там нет. Уже объяснял что родственники несколько раз могут перекрещиваться, 300 лет тому назад скажем были родственники, а сейчас не знают. А в закрытых популяциях и мито-линии как правило одни и те же. Есть много мнений на счет того откуда берутся неустойчивые снипы, возвратные мутации, я сторонник той точки зрения, которую озвучил - если тебе это точка зрения не нравиться - это другой вопрос. Ты к примеру в курсе что даже в таких точных науках как биология - не всегда есть ответы на все вопросы. К примеру переходного звена не нашли между человеком и обезьяной, при этом некоторые генетики выводят человека из обезьяны. Или биологи так и не могут объяснить сложную природу ДНК. Atly пишет: Я не против скорости мутаций в закрытых популяциях, не отнимать же хлеб у генетиков, буду рад если ты напишешь статью про это. Ты хоть знаешь что означает положение снипа со знаком вопроса - то бишь этим "? "в твоем тесте? Если не знаешь - зачем тогда споришь? Пишу статьи по ДНК-генеалогии и истории если ты заметил, а не по генетике или биологии. Поэтому на будущее - лучше правильно называть вещи своими именами. Генетикой я не занимаюсь, я занимаюсь ДНК-генеалогией - т.е. интерпретацией результатов ДНК-теста, для выявления этногенеза, построения генеалогий и т.д. А насчет причин того или иного вопроса в генетике - придерживаюсь какого-либо мнения принятого в генетике. К примеру, некоторые генетики и ДНК-генеалоги - эволюционисты, скажем тот же А.Клёсов - последовательный эволюционист-дарвинист. А я к примеру принадлежу к очень малому числу сторонников других генетиков и ДНК-генеалогов, которые креационисты. С неустойчивыми снипами тоже самое. В вопросе с возвратными мутациями сторонник мнения, что это следствие близкородственных браков, тебе это мнение не понравилось. Нравиться не нравиться - тут так вопрос не стоит, ты мне покажи хоть одно вразумительное объяснение против - вот это другое дело. Итак если хочешь продолжить спор - жду от тебя хотя бы малейшего объяснения - по каким другим причинам происходят возвратные мутации. Википедия и гугл - тебе в помощь.
Amigo: 1) Пример стабильного снипа: Known SNP,"","Z2123","Yes(+)","No","C","T","High" , снип Z2123 - 100% есть. 2) Пример нестабильного снипа: Known SNP,"","Z747","?","No","C","?","Unknown" , снип Z747 - то ли есть, то ли нет. У других карачаевцев может быть в плюсе, а может быть и в минусе. 50% на 50%. 3) Пример отрицательного снипа: Known SNP,"","Z2122","No(-)","No","G","G","High" , снипа Z2122 - 100% нету.
Albert: Amigo пишет: возвратные мутации есть у каждого. А в закрытых популяциях много близкородственных браков, в итоге это приводит к нежелательной генетической наследственности в виде болезней и прочего. В том числе Y-хромосома несет последствия в виде мутаций, не всегда плохо сказывающих на здоровье. Ведь есть у Z2123-го снип L342.2 или нет - ровным счетом на здоровье не влияет. Да это известный факт, вот только коэффициент инбридинга по материалам Почешховой (адыгейки, кстати) у карачаевцев самый низкий в сравнении с другими коренными народами Западного Кавказа - кабардинцами, черкесами, абазинами, адыгейцами и абхазами. Учитывая то, что чем дальше на восток, тем отношение к родственным бракам более лояльное, а в Дагестане так вообще ситуация наоборот, то есть идет предпочтение кузенных браков, то можно сделать вывод, что среди народов Северного Кавказа (относя туда и абхазов), один из самых низких коэффициент инбридинга - у карачаевцев. Полагаю, у балкарцев будет примерно то же самое. Amigo пишет: Если что-то непонятно, из этого не следует вывод что это неправильно. Есть много литературы на этот счет почитайте. Единого мнения там нет. Булат, в какой литературе пишут про скрещивание Y-хромосом? Amigo пишет: Уже объяснял что родственники несколько раз могут перекрещиваться, 300 лет тому назад скажем были родственники, а сейчас не знают. А в закрытых популяциях и мито-линии как правило одни и те же. Есть много мнений на счет того откуда берутся неустойчивые снипы, возвратные мутации, я сторонник той точки зрения, которую озвучил - если тебе это точка зрения не нравиться - это другой вопрос. Ты к примеру в курсе что даже в таких точных науках как биология - не всегда есть ответы на все вопросы. К примеру переходного звена не нашли между человеком и обезьяной, при этом некоторые генетики выводят человека из обезьяны. Или биологи так и не могут объяснить сложную природу ДНК. Вопрос в том как это физически возможно, если Y-хромосома всегда одна? Она не может сталкиваться с другими Y-хромосомами. А что касается обезьян и человека, то и не найдут никакого переходного звена, поскольку его нет. Это совершенно разные виды приматов. Уверен, что без переходного звена. Amigo пишет: Ты хоть знаешь что означает положение снипа со знаком вопроса - то бишь этим "? "в твоем тесте? Если не знаешь - зачем тогда споришь? Пишу статьи по ДНК-генеалогии и истории если ты заметил, а не по генетике или биологии. Поэтому на будущее - лучше правильно называть вещи своими именами. Генетикой я не занимаюсь, я занимаюсь ДНК-генеалогией - т.е. интерпретацией результатов ДНК-теста, для выявления этногенеза, построения генеалогий и т.д. А насчет причин того или иного вопроса в генетике - придерживаюсь какого-либо мнения принятого в генетике. Обижаться или злиться не надо на такие вопросы. Речь о том, что физически это вряд ли возможно. Тут уже вопрос не ДНК-генеалогический, а именно генетический. А потому без одобрения генетиков такие выводы делать нельзя, я считаю. А так ведь мы многого не знаем, но есть вещи, которые не могут случиться ни при каких условиях. Не всё можно объяснить. Хотя, думаю, что и нестабильности снипов рано или поздно найдут объяснение. Amigo пишет: С неустойчивыми снипами тоже самое. В вопросе с возвратными мутациями сторонник мнения, что это следствие близкородственных браков, тебе это мнение не понравилось. Нравиться не нравиться - тут так вопрос не стоит, ты мне покажи хоть одно вразумительное объяснение против - вот это другое дело. Итак если хочешь продолжить спор - жду от тебя хотя бы малейшего объяснения - по каким другим причинам происходят возвратные мутации. Википедия и гугл - тебе в помощь. Сначала хотелось бы получить вразумительное объяснение "ЗА"! Как ты себе физически представляешь картину, что разные Y-хромосомы мешают друг другу?
Amigo: Albert пишет: Булат, в какой литературе пишут про скрещивание Y-хромосом? Никто кроме вас на форуме скрещиванием Y-хромосом это не называет. Есть скрещивание близкородственных линий. Родственниками считаются люди как по женской, так и по мужской линии. Вот объясни мне Альберт - зачем вы вводите новый термин, потом сами же про него спрашиваете? Если допустим человек женился - а он скажем не знает на какой-нибудь своей семиюродной сестре и т.д. - браки становятся близкородственными. Потом ещё раз скрестятся, и ещё раз, - чем дальше родственность - тем лучше для молодоженов. Если Атлы это по неосторожности понял как скрещивание Y-хромосом, то он ошибься. Никакого скрещивания Y-хромосом нет. Есть скрещивание близкородственных линий. И ещё раз. У всех людей есть возвратные мутации. На заре своей истории все люди очень много скрещивались, исключений тут нет. Половина населения умирала от генетических болезней, другая половина оставалась здоровой. Те что остались здоровыми и продолжили современное человечество.
Amigo: Albert пишет: Вопрос в том как это физически возможно, если Y-хромосома всегда одна? Она не может сталкиваться с другими Y-хромосомами. А что касается обезьян и человека, то и не найдут никакого переходного звена, поскольку его нет. Это совершенно разные виды приматов. Уверен, что без переходного звена. Сами же ввели свои понятия и сами же их оспариваете. Альберт ткни мне пальцем - где на форуме я писал про скрещивание Y-хромосом. Началось всё с вопроса Атлы про это самое скрещивание Y-хромосом. А я не ответил сперва, потому посчитал это неудачной шуткой.
Amigo: Albert пишет: Сначала хотелось бы получить вразумительное объяснение "ЗА"! Как ты себе физически представляешь картину, что разные Y-хромосомы мешают друг другу? Итак возвращаемся к началу спора. Ещё раз. Я сторонник точки зрения, что возвратные мутации есть результат близкородственных браков. Не обязательно двоюродных, троюродные, семиюродные и т.д. это всё родственники - только чем дальше, тем лучше для брачующихся . Ты сторонник другой точки зрения. Вы поняли это как скрещивание Y-хромосом. Всё. Проехали.
Amigo: Albert пишет: Как ты себе физически представляешь картину, что разные Y-хромосомы мешают друг другу? Просто ужас какой-то
Albert: Amigo пишет: Никто кроме вас на форуме скрещиванием Y-хромосом это не называет. Есть скрещивание близкородственных линий. Родственниками считаются люди как по женской, так и по мужской линии. Вот объясни мне Альберт - зачем вы вводите новый термин, потом сами же про него спрашиваете? Amigo пишет: Сами же ввели свои понятия и сами же их оспариваете. Альберт ткни мне пальцем - где на форуме я писал про скрещивание Y-хромосом. Началось всё с вопроса Атлы про это самое скрещивание Y-хромосом. А я не ответил сперва, потому посчитал это неудачной шуткой. Но ты сам говорил о скрещивании КЛАНОВ! Вот твой текст: Остальные 7 карачаевских снипов - нестабильные, вероятно это связано с тем, ваш клан внутри себя ещё несколько раз перекрещивался, т.е. скажем Коджаковы, Катчиевы, Бостановы и др. итак происходят от одного предка - жившего в нач. н.э., но начиная с того как ваш клан выделился 4 тыс. лет назад в отдельную подветвь - ваши фамилии постоянно перекрещивались, потом прошли бутылочное горлышко к тому же - т.е. опять всё пошло от одного родоначальника, жившего в нач. н.э.. После начала н.э. вероятно опять у вас были перекрещивания с родственными фамилиями внутри вашего клана.
Amigo: Albert пишет: Но ты сам говорил о скрещивании КЛАНОВ! И где там хоть одна строчка про скрещивание Y-хромосом? Допустим у одного мужчины есть брат и сын. У брата дочь. Дети этих братьев - двоюродные - и они родственники. Согласен? Так вот если эти двоюродные женятся может быть возвратная мутация - я про это. А ты мне про скрещивание Y-хромосом. Возвратная мутация может быть не только у тех молодоженов, что двоюродные друг другу, но и семиюродные и т.д. - просто чем ближе родственность тех хуже для брачующихся. Понимаешь я о том, что близкородственные браки ведут к безобидным обратным мутациям, ну исчезнет скажем снип отца у одного из его потомков - это не страшно, всё равно выскочит другой снип предка - более стабильный. Назвал одно из мнений откуда берутся неустойчивые снипы. А вы мне скрещивание Y-хромосом. Каких Y-хромосом? Скрещивание близкородственных линий не равно понятию скрещивание Y-хромосом.
Albert: Amigo пишет: И где там хоть одна строчка про скрещивание Y-хромосом? Допустим у одного мужчины есть брат и сын. У брата дочь. Дети этих братьев - двоюродные - и они родственники. Согласен? Так вот если эти двоюродные женятся может быть возвратная мутация - я про это. А ты мне про скрещивание Y-хромосом. Возвратная мутация может быть не только у тех молодоженов, что двоюродные друг другу, но и семиюродные и т.д. - просто чем ближе родственность тех хуже для брачующихся. Понимаешь я о том, что близкородственные браки ведут к безобидным обратным мутациям, ну исчезнет скажем снип отца у одного из его потомков - это не страшно, всё равно выскочит другой снип предка - более стабильный. Назвал одно из мнений откуда берутся неустойчивые снипы. А вы мне скрещивание Y-хромосом. Каких Y-хромосом? Скрещивание близкородственных линий не равно понятию скрещивание Y-хромосом. ОК, значит, я тебя неправильно понял. Насколько я помню, кланами ты именовал именно мужские линии... Может ли инбридинг влиять на мутации в Y-хромосоме? - Вот в чем вопрос. Для ответа на него недостаточно предполагать, что такое может быть. Надо знать наверняка, насколько это возможно. Потому делать какие-то выводы без участия генетиков нельзя ни в коем случае.
Amigo: Albert пишет: Потому делать какие-то выводы без участия генетиков нельзя ни в коем случае. По некоторым вопросам они расходятся. В частности и по вопросу природы неустойчивых снипов.
Эсен: Amigo пишет: Ты хоть знаешь что означает положение снипа со знаком вопроса - то бишь этим "? "в твоем тесте? Если не знаешь - зачем тогда споришь? В данном случае не знаешь ты. Known SNP,"","Z747","?","No","C","?","Unknown" То, что я выделил - это "тонкий" намек. Вопросики означают, что позиция снипа не прочитана/плохо прочитана. Значение снипа (+ или -) неизвестно. Albert пишет: Надо знать наверняка, насколько это возможно. Солнечная радиация в горах нейтрализует влияние инбридинга на мутации в Y-хромосоме. Инфа 100%
Amigo: Эсен пишет: Вопросики означают, что позиция снипа не прочитана/плохо прочитана. То есть другими словами - неизвестно то ли + или - . И если у одного карачаевца будет минус, у другого будет + Я писал уже выше об этом, что: этот "вопрос" и есть обозначение нестабильности, то ли плюс, то ли минус - поэтому и пишут там вопросительный знак, - это значит то ли есть этот снип у человека, то ли его нет - неустойчиво короче, особенно это касается новых снипов. Пример нестабильного снипа: Known SNP,"","Z747","?","No","C","?","Unknown", снип Z747 - то ли есть, то ли нет. У других карачаевцев может быть в плюсе, а может быть и в минусе. 50% на 50%. Эсен пишет: Солнечная радиация в горах нейтрализует влияние инбридинга на мутации в Y-хромосоме. Инфа 100% Это всего лишь одно из мнений, как к примеру то что расовые признаки возникли в результате внешнего воздействия окружающей среды. Кто-то тоже утверждает что это на все 100%. Или теория эволюции утверждает что одни виды превращались в другие. Сперва вышли из воды, земноводные - потом появились из земноводных пресмыкающиеся - млекопитающиеся. Из обезьян превратились в люди, вообщем редкостный эволюционистский бред, как впрочем бредом дарвинисты считают всех кто не согласен с теорией эволюции.
Amigo: Эсен пишет: В данном случае не знаешь ты. Ну да перемену одного основания в другое - прочесть не смогли . Эсен да знаю я все эти байки одних биологов про то что прочесть не смогли, и опровержения других - что это не так. И споры между ними, и между эволюционистами и креационистами. И многие из них утверждают что они правы на 100%. Не убедил. Там вопросительный знак стоит не только на позиции снипа, но и на основании. То есть не знают гуанин там или другое основание, и это ещё не всё - сравнивать надо как минимум три гаплотипа. Я сравниваю четыре, в одном гаплотипе вижу вопрос, в другом минус, в третьем плюс, одним словом чушь. Но самое интересное это то, что дают название снипу , при этом из оснований гуанин там или что - под вопросом. . P.S. Из этого спора выхожу про нестабильные снипы. А за позиции 17 карачаевских снипов спасибо , честно сказать очень сильно удивил, что без формата ФТДНА так просто дают админы R1a - названия новым снипам, т.е. вводят свой формат. Хотя видимо потом ФТДНА потом может синонимы к ним придумать. Ну чтож раз свой формат, тогда значит свой.
Эсен: Amigo пишет: И если у одного карачаевца будет минус, у другого будет +The Confidence column can be filtered with a drop down menu. High confidence contains the best call quality. Medium confidence is the second best call quality. Unknown means that there is not enough comparative information in our database about a SNP yet to determine the confidence of the call. https://www.familytreedna.com/learn/user-guide/other-test-results/big-y-page/ Увидел что-нибудь насчет «нестабильности» и про «у одного будет -, у другого +» ? Ну да перемену одного основания в другое - прочесть не смогли The Genotype column can be filtered using a drop down menu. The ? indicates an unclear or no-call value. (там же)
Эсен: Amigo пишет: Обратите внимание что yfull.com нашли 17 снипов отделяющие карачаевцев их от башкира 152829-го. Вот они: 1) YP449 2) YP450 3) YP451 4) YP452 5) YP453 6) YP454 7) YP455 8) YP456 9) YP457 10) YP458 11) YP459 12) YP460 13) YP461 14) YP462 15) YP463 16) YP464 17) YP465 152829-й из другой подветви субклада Z2123, а это значит что наша подветвь ближе к карачаевской, чем подветвь 152829-го, 152829-й отделяет от карачаевцев 17 снипов. А наш клан отделяет от карачаевцев 8 снипов, т.е. 9 снипов как минимум из 17 вышеперечисленных снипов, которые выделены yfull.com пока только у карачаевцев - есть и у нашего клана. И только 8 снипов остаются чисто карачаевскими. Проверил поочередно 17 снипов в новом инструменте "Big Y Matches" - у вашего клана ВСЕ 17 отсутствуют.
Atly: Эсен пишет: Проверил поочередно 17 снипов в новом инструменте "Big Y Matches" Mr. Nail Tazetdinov 99 4 CTS1806 L871 Z2122 , Z2123 Тазетдинов вроде из субклада z2122, а тут у него все три снипа
Умар: Atly пишет: Mr. Nail Tazetdinov 99 4 CTS1806 L871 Z2122 , Z2123 Тазетдинов вроде из субклада z2122, а тут у него все три снипа Если я правильно понял ,сравнение показывает ,что у вас различие по 4 известным снипам с Тазетдиновым . У вас CTS1806 и Z2123 в плюсе, а у Тазетдинова они в минусе ,а L871 Z2122 с плюсом.
Эсен: Да, правильно. Колонка так и называется Non-Matching Known SNPs
Эсен: CTS1806 - какой-то мутный снип. Положителен у всех N1c, прошедших через Big Y: http://www.kolumbus.fi/geodun/BIG-Y.xls
Atly: Умар пишет: У вас CTS1806 и Z2123 в плюсе, а у Тазетдинова они в минусе ,а L871 Z2122 с плюсом. Сау бол! Эсен пишет: CTS1806 - какой-то мутный снип. Положителен у всех N1c, прошедших через Big Y: ChrY position: 14077653 (+strand) Known SNPs: CTS1806 • M2026 Может в ChrY position: 14077653 (+strand) у N1c произошла такая же мутация независимо от z2123.
Умар: Эсен пишет: CTS1806 - какой-то мутный снип. Положителен у всех N1c, прошедших через Big Y: Было такое мнение по другому снипу в подобной ситуации Некоторые снипы встречаются в разных гаплогруппах, то есть, одинаковая мутация может возникнуть в разное время у разных людей. Такие снипы идут с индексами L342.1, L342.2, L342.3 и тд. Чем чаще снип встречается в других гаплогруппах, тем он менее стабильный, что мы и видим на примере снипа L342.2, у которого часто встречаются обратные мутации и он признан нестабильным.
Эсен: Вот мы и вычислили снип с вероятной нестабильностью
Умар: Эсен пишет: снип с вероятной нестабильностью Пока что у наших он стабилен . Да и вообще ,от "нестабильного" L342 было больше пользы ,чем от многих других стабильных снипов. Этот снип практически "расколол" гаплогруппу R1a1.
Amigo: Астурийцев, и тунисские Z2123 нужно проверять на снип CTS1806, он эквивалентен снипу KMS1. Постараемся выслать праймеры снипа KMS1 в ФТДНА, сейчас просто их правильно пытаемся подобрать. Либо если вы хотите можете выслать праймеры снипа CTS1806. CTS1806=KMS1, т.е. это разные названия одного и того же снипа.